Die Ökobilanz von Pelletheizungen zeigt, wo Pellets im Umweltschutz punkten.

Als graue Energie wird der Bedarf an nicht erneuerbarer Primärenergie relativ zur bereitgestellten Nutzwärme bezeichnet. Pelletsanlagen weisen mit rund 20% einen sehr niedrigen Anteil an grauer Energie aus. Grund dafür sind der geringe Bedarf an nicht-erneuerbarer Energie bei der Herstellung und die effizienten Heizkessel, die im Betrieb einen tiefen Stromverbrauch haben. Den höchsten Anteil an grauer Energie haben Erdgas- und Erdölheizungen: Da sowohl der Energieträger selbst wie auch die dafür verwendete Gewinnungsenergie nicht erneuerbar sind, übersteigt der Bedarf an Grauer Energie 100%.

Transport und Trocknung haben einen geringen Einfluss auf die graue Energie von Pellets

Zweifellos ist es am sinnvollsten, Pellets möglichst regional zu produzieren und einzukaufen. Damit werden unnötige Transporte vermieden und die einheimische Wirtschaft gestärkt. Pellets aus dem Ausland sind jedoch ebenfalls wesentlich umweltfreundlicher als andere, nicht erneuerbare Energien wie Öl und Gas. Da Pellets eine sehr hohe Energiedichte haben, eignen sie sich besser für den Transport als andere Holzbrennstoffe.  Der Energieaufwand für den Transport beträgt nur rund 1% des Heizwerts pro 100 km Fahrstrecke.

Für den Transport des Rohmaterials, aus dem Pellets bestehen (Hobelspäne und Sägemehl), wird aufgrund des grossen Volumens wesentlich mehr Energie benötigt als für den Transport von fertigen Pellets. Je nach Rohmaterial müssen für den Transport  pro 100 km 2-5% des Heizwerts der Pellets eingesetzt werden. Aus Gründen der Wirtschaftlichkeit wird das Rohmaterial jedoch kaum weiter als 120 km transportiert.
Wie die oben genannten Zahlen zeigen, ist der Einfluss des Transports auf die graue Energie und somit auch auf die Effizienz der Pellets als Brennstoff gering.

Bei der Pelletierung von trockenem Rohmaterial wie Hobelspänen erfolgt die Trocknung im Hobelwerk und wird der Fertigung der Bretter angerechnet. Wird feuchtes Ausgangsmaterial verwendet, muss dieses vor dem Pelletieren zuerst getrocknet werden. Bei nassem Sägemehl mit 40-50% Wassergehalt wird rund 10% bis 15% des Pelletheizwertes benötigt. Diese Energie bleibt zum Grossteil im höheren Heizwert der trockenen Pellets erhalten und geht somit nicht verloren. In der Schweiz verwenden alle grösseren Pelletproduzenten erneuerbare Energiequellen für die Trocknung. Sofern jedoch die Trocknung mit fossiler Energie erfolgt, ist der Trocknungsaufwand als graue Energie anzurechnen. Die Pellets sind dann zu rund 85% erneuerbar und zu 15% nicht erneuerbar.

Für einen allgemeinen Vergleich der Umweltauswirkungen verschiedener Heizsysteme werden Umweltbelastungspunkte verwendet. Diese berücksichtigen eine breite Palette von Auswirkungen auf Mensch und Umwelt, welche bei der Herstellung der Anlagen, während des Betriebs und bei der Entsorgung anfallen.
Pellets belegen auch im Vergleich der Umweltbelastung den Spitzenplatz. Insbesondere ist die Luftbelastung durch Feinstaub bei Pelletheizungen dank modernster Verbrennungstechnik viel geringer als bei alten Holzfeuerungen.

Alle Heizungen belasten die Umwelt mehr oder weniger stark. Es ist daher sinnvoll, sowohl in ein ökologisches Heizsystem wie auch in die Isolation des Gebäudes zu investieren.